Peter Birkhäuser wurde 1911 in Basel in der Schweiz geboren, wo er auch aufwuchs. 1928-1934 liess er sich in der Kunstgewerbeschule in Basel ausbilden und ging anschliessend beim Basler Maler Niklaus Stoecklin in die Lehre. Schon als 22-jähriger besass er sein eigenes Atelier als selbständiger Maler und Grafiker. Seine Verehrung galt damals den alten Meistern. In dieser Technik malte er traditionelle Motive. Auch als Porträtist und Plakatmaler und allgemein als Grafiker machte er sich einen Namen.

1939 heiratete er Sibylle Oeri, die ihm zwei Kinder gebar. Sie prägte in entscheidender Weise seine künstlerische Entwicklung mit. Als er in den 1940er-Jahren in eine Schaffenskrise geriet und von innen her gedrängt wurde, die traditionelle Malweise zu verlassen, führte Sibylle ihn in die Gedankenwelt C.G. Jungs ein. Birkhäuser begann damals eine Analyse und liess sich auf das Abenteuer ein, sich von seinen Träumen leiten zu lassen. Dabei begleitete ihn vor allem die bekannte Jungschülerin
Marie-Louise von Franz (1915-1998).

In einem Interview von 1970 sagte Peter Birkhäuser rückblickend:
«Etwas durchkreuzte mich und zerstörte meine bewussten Ideale, konsequent über Jahre, bis ich so klein war, dass ich nachgab. Und ich gehorchte, noch bevor ich es begriff. Aus schierem Leiden gab ich nach. Erst später, mit den Jahren konnte ich endlich den Sinn erkennen. Aber dieses Unbekannte in mir wusste den Sinn schon immer […]. Ich erlebte eine Macht in mir, die nicht ich war. Das ist religiöse Erfahrung. Sie zwang mich auf einen Weg, der nicht von mit gewollt war, der nicht meinem damaligen Geschmack entsprach. […] Es war ein langer Weg. Aber heute, wenn ich zurückschaue auf die Tausenden von Träumen und diese lange Entwicklung und die Opfer, sehe ich, dass es eine sehr kostbare Erfahrung war.»

Trotz seinem nun einsetzenden Suchen nach neuen Formen und Inhalten in der Malerei, arbeitet Birkhäuser in den 1940er-Jahren mit grossem Erfolg als Porträtist und Grafiker weiter. Bis heute bekannte Plakate entstanden, und regelmässig wurden seine Arbeiten prämiert. Später verlegte er seinen Schwerpunkt auf die Schriftgrafik.

Der Übergang in der Malerei war ein qualvolles Suchen. Bilder entstanden, die von der Kunstkritik die Etikette «Magischer Realismus» erhielten. 1953 gelang ihm der Durchbruch zur Malerei innerer Bilder mit dem «Gespaltenen». Geführt von den Träumen entwickelte Birkhäuser ab 1953 seinen ganz eigenen Stil des Malens der seelischen Wirklichkeit und es entstand ein umfangreiches Werk an Traumbildern, das er auch immer wieder in Ausstellungen zeigte.

Peter Birkhäuser starb 1976 als 65-jähriger.